Експлуатаційна ефективність мембранних систем очищення обмежується, в основному, забрудненням мембран. Зниження продуктивності мембранних установок на 95–97% визначається поверхневим забрудненням мембран та на 3–5% ущільненням капілярно-пористої структури. Однією з головних причин забруднення є формування осаду різного типу. Найбільш поширені типи забруднень – мінеральний осад, гідроксид металів, колоїдні плівки органічного і біологічного походження. Причини забруднення мембран визначаються фізико-хімічними та поверхневими властивостями самої мембрани. Також властивостями частинок забруднюючої фази, які знаходяться в вихідній речовині. Ці особливості впливають на величину потоку крізь мембрану.
Існує багато способів для зменшення швидкості утворення осаду: підготовка вихідного розчину, зміна властивостей мембрани, вибір оптимальних режимів роботи установки. Усі ці методи спрямовані на зменшення швидкості утворення осаду. Вони потребують ретельного вивчення вихідної сировини та самого баромембранного процесу. Для кожного типу сировини та установки треба обирати індивідуальний та унікальний спосіб. Незважаючи на їх ефективність на певному етапі свого функціонування будь-яка установка потребуватиме очищення. З цих причин дослідження та вдосконалення способів відновлення очисних властивостей мембран є перспективним, та доцільним методом підвищення продуктивності установки, економії ресурсів та коштів на придбання нового обладнання.
Найбільш поширеними методами відновлення мембран є гідравлічна механічна та хімічна очистка. Вище зазначені методи мають як недоліки так і переваги, але найперспективнішим методом є гідравлічний метод який не потребує ні хімічних компонентів які в подальшому повинні бути утилізовані, ні механічного втручання яке може зруйнувати поверхню мембрани. Але цей метод має невелику інтенсивність, що і є основним недоліком, покращити ефективність цього способу очищення можна використавши вакуумування та явище гідродинамічної кавітації.